Как на самом деле обстоят дела в США с отслеживанием вариантов, подобных Omicron? Мы спросили некоторых экспертов. — Мать Джонс

Еще в феврале — целую жизнь назад во время пандемии — я разговаривал с несколькими экспертами, которые предупреждали о способности Соединенных Штатов определять и отслеживать варианты коронавируса. В то время ученые из Соединенного Королевства определили первый «вызывающий беспокойство вариант» пандемии — штамм, позже названный Alpha. Великобритания может похвастаться «золотым стандартом» стратегий геномного надзора: в начале 2021 года было секвенировано около 6 процентов положительных образцов COVID; тем временем в США последовательность операций составляла около 0,3%. «Мы слепы к тому, что происходит», — сказал мне один эксперт по инфекционным заболеваниям и вакцинологии.

В конечном итоге Alpha будет уступать в Великобритании (и в мире) другому варианту, Delta. Но его появление среди других вариантов, вызывающих озабоченность вскоре после этого, стало тревожным сигналом: без надежной программы геномного наблюдения, предупреждали исследователи, США не смогли бы отслеживать варианты по мере их появления или обнаруживать новые, выращенные дома. — что делает нас менее подготовленными к борьбе с вирусом.

Входит Омикрон. Впервые сообщили Всемирной организации здравоохранения официальными лицами Южной Африки в День Благодарения, с тех пор этот вариант был обнаружен в десятках стран, включая США. И в большинстве средств массовой информации преобладающее повествование о геномном надзоре в США осталось прежним: страна «отстает» от наших зарубежных коллег, «медлит с партией» и рискует «полететь вслепую».

Но после разговора с несколькими экспертами на прошлой неделе стало ясно, что это уже не совсем так. На самом деле США далеко не отстают. И в море тревожных заголовков об Omicron это действительно хорошие новости.

«Я чувствую, что на этот раз в прошлом году было такое чувство, Тон США не хватает последовательности. Мы позади, мы позади. И я считаю, что это был справедливый аргумент. Но на данный момент я думаю, что это просто ленивый аргумент », — говорит Джозеф Фаувер, доцент Колледжа общественного здравоохранения Медицинского центра Университета Небраски, который работает с государством над отслеживанием вариантов. «Я категорически на стороне, мы делаем исключительную работу. Это не значит, что мы не можем делать что-то лучше. Но сейчас создается так много данных по США и по всему миру ».

Вот что вам нужно знать об Omicron, будущих вариантах и ​​геномном секвенировании, основываясь на моих беседах:

В начале этого года, когда эксперты призвали к инвестициям в способность страны отслеживать SARS-CoV-2, администрация Байдена прислушалась. В феврале компания объявила о «первоначальном взносе» в размере 200 миллионов долларов для отслеживания вариантов, а в апреле — об инвестициях в 1,7 миллиарда долларов. «Центр контроля заболеваний при поддержке Белого дома и федерального правительства действительно разработал надежный план по ускорению геномного надзора по всей стране», — говорит Бронвин Макиннис, директор по геномному надзору за патогенами в Программе инфекционных заболеваний и микробиома. Институт Броуда Массачусетского технологического института и Гарварда.

Усилия преследовали три цели: во-первых, федеральные чиновники здравоохранения работали над тем, чтобы учреждения, проводившие крупномасштабное тестирование COVID, — такие как Labcorp, Quest Diagnostics, Helix и Broad Institute, где работает Макиннис, — провели собственное секвенирование, давая ученые, как она называет, «взгляд с высоты 10 000 футов» на то, какие штаммы циркулируют по штатам.

Во-вторых, администрация вложила средства в местные и государственные лаборатории, дав им возможность стать «более проворными», говорит Макиннис, и увеличивать масштаб местных вспышек или выполнять целевое секвенирование там, где это было необходимо.

Третья часть, по словам Макиннис, заключалась в продолжении поддержки академических исследовательских центров, подобных ее, которые используют свои лабораторные возможности для отслеживания SARS-CoV-2. «Это не идеально», — говорит Макиннис об усилиях в целом. «Это тоже непросто. Но он действительно сильный ».

Данные подтверждают это: в начале 2021 года страна секвенировала несколько тысяч геномов в неделю. В конце ноября этот уровень составлял почти 100 000 в неделю. По оценке Фовера, в США секвенировано примерно столько же, если не больше геномов SARS-CoV-2, сколько у нас есть для всех других вирусов вместе взятых.

«В начале этого года мы все еще не проводили секвенирования в достаточной степени, чтобы действительно получить хороший снимок того, что циркулировало в США», — добавляет Александра Фелан, доцент Центра исследований глобального здравоохранения и безопасности Джорджтаунского университета. чья работа сосредоточена на обеспечении готовности к пандемии и ответных мерах. «Если мы посмотрим на нас сейчас, то на самом деле мы находимся в гораздо лучшем положении».

Помимо секвенирования десятков тысяч образцов в неделю, мы также достигаем нашей цели с точки зрения процентов случаев упорядочены. В начале 2021 года ученые поставили цель секвенировать пять из каждых 100 положительных образцов COVID. Согласно предварительному, но широко цитируемому анализу Illumina, компании из Сан-Диего, которая производит оборудование для геномного секвенирования, США потребуется секвенировать 5 процентов образцов, чтобы обнаружить вариант, который составляет от 0,1 до 1,0 процента случаев.

На данный момент в среднем мы там: «Я бы сказал, что большинство штатов сейчас находится на уровне или близко к этой отметке в пять процентов, — говорит Макиннис, — а многие находятся далеко за ее пределами». (На прошлой неделе директор CDC Рошель Валенски сообщила журналистам, что агентство выполняет секвенирование примерно в каждом седьмом положительном образце, или примерно в 14%.)

Пять процентов могут показаться не очень большим количеством, но тестирование, выходящее за рамки этого, имеет «убывающую отдачу», — говорит Макиннис. «На данный момент нереально отследить каждый положительный случай. И в этом нет необходимости». При показателе в 5 процентов «у нас есть возможность обнаруживать возникающие угрозы на ранней стадии». Если новый вариант приведет к «любому значимому количеству случаев, — добавляет Фовер, — мы обязательно обнаружим его с таким уровнем секвенирования».

Один из способов облегчить работу исследователей? Снижение общего количества случаев COVID. Подумайте об этом так: скорость геномного секвенирования — это количество последовательностей SARS-CoV-2, деленное на количество положительных тестов в США в данный момент времени. Если мы хотим увеличить нашу скорость, мы можем либо увеличить количество секвенированных геномов, либо уменьшить количество случаев. «Фактически сейчас происходит неконтролируемая передача COVID, — говорит Фовер, — что действительно затрудняет повышение этого процента».

Отчасти поэтому такие страны, как Исландия или Новая Зеландия, могут секвенировать огромный процент положительных образцов: низкое количество случаев. США могут занять 22-е место в мире по проценту секвенированных геномов, но мы также имеем дело с много случаев. «Абсолютное значение этого числа действительно имеет значение, — говорит Фовер. «Я думаю, что действительно легко отследить 100 процентов случаев, происходящих за неделю, если у вас всего 1000 случаев».

Кроме того, отмечает Фовер, уменьшение числа случаев также снижает шансы появления новых вариантов среди населения. «Если вы не инфицированы, — говорит он, — вы не будете участвовать в создании нового варианта».

Хотя в США последовательность операций составляет 5 процентов, это, как подчеркивают эксперты, среднее число. Некоторые штаты не секвенируют столько геномов, сколько другие. В Оклахоме, отмечает Фелан, за время пандемии секвенировалось менее 1 процента всех образцов. Напротив, в Вашингтоне, который был одним из первых штатов, пострадавших от коронавируса и где расположены несколько академических институтов, с января 2020 года последовательность операций составила около 8 процентов. В Вайоминге — 20 процентов. В Вермонте это 22 процента.

Эти различия существуют, говорит Фовер, отчасти из-за того, какие институты существуют в каждом штате. Возьмите Калифорнию. С начала пандемии в штате было опубликовано почти 300 000 последовательностей, больше, чем в любом другом штате. Да, это большая популяция », но, — говорит Фовер, -« подумайте обо всех группах в Калифорнии, которые производят данные о секвенировании полного генома ». В штате действуют лаборатории графства, государственные лаборатории, такие учреждения, как Исследовательский институт Скриппса и UCSF, некоммерческие организации, такие как Chan Zuckerberg Biohub, и частные компании, такие как Illumina. «Все это сильно увеличит численность Калифорнии», — заключает он. В Небраске, где базируется Фовер, исследователи смогли регулярно генерировать «действительно высококачественные данные», но эти усилия в основном предпринимаются государством в сочетании с небольшой горсткой академических партнеров.

Помимо различий между штатами, эксперты обеспокоены тем, что штаты, в которых не проводится секвенирование из-за большого количества образцов, часто являются штатами с более низким уровнем вакцинации. То есть штаты, в которых наиболее вероятно появление новых вариантов, также являются местами, не смотрим так же внимательно. «Существует риск необнаруженного распространения», — говорит Фелан.

В отчете за 2020 год Фелан и другие призвали федеральное правительство разработать единый подход к обмену геномными данными. Она все еще нуждается в этом: «Многие из этих данных фрагментированы, потому что страна и системы здравоохранения фрагментированы. Нам все еще нужен всеобъемлющий и систематический обмен данными по всей стране между штатами и на федеральном уровне».

Вскоре после того, как 26 ноября Южная Африка сообщила ВОЗ об омикроне, США ввели запреты на поездки против нее и семи других стран, все в Африке. С тех пор вариант Omicron был обнаружен во многих других странах, включая Канаду, Великобританию, Австралию, Германию и десятки других, но США не выпустили никаких новых запретов на поездки против них.

Хотя запреты на поездки могут замедлить глобальное распространение варианта на ранних этапах — «Это всего лишь основной вопрос математики», — говорит Фелан, — они вряд ли останавливаться вариант в своем пути. Во-первых, они могут вызвать у правительств ложное чувство безопасности, говорит Фелан, и часто становятся «неуместными мишенями» для защиты здоровья населения. В случае с Omicron, например, «трудно не видеть в этом глубокую дискриминацию».

Эксперты также опасаются, что эти ограничения могут помешать другим странам публиковать свои данные о COVID в будущем. «Если [sharing information] сталкивается с ограничениями на поездки, я не вижу стимула для этих людей делиться своими данными », — говорит Фовер. «Так что да, я думаю, что он посылает совершенно неверное сообщение».

И «это не только лишает стимулов сообщать о вариантах, но и повлияет на будущие вспышки», — говорит Фелан. Если введение дискриминационных запретов на поездки станет нормой, добавляет она, «я действительно беспокоюсь, что мы гораздо менее подготовлены к следующей пандемии».

Эта часть была обновлена.