Вариант Omicron: необходимо дополнительное секвенирование гена Covid-19, чтобы опережать мутации

0
78

Вариант коронавируса омикрон уже обнаружился более чем в 20 странах, и к концу ноября он был обнаружен в Соединенных Штатах. также известен ученым как B.1.1.529.

«Человек был полностью вакцинирован, и у него появились легкие симптомы, которые на данный момент улучшаются», – сказал Энтони Фаучи, глава Национального института аллергии и инфекционных заболеваний, на пресс-конференции в Белом доме в среду. «Итак, это первый подтвержденный случай Covid-19, вызванного вариантом омикрона, обнаруженным в Соединенных Штатах».

Омикрон может быть более трансмиссивным, чем другие версии вируса, и его появление придает огромную актуальность усилиям по секвенированию генома. Изучая гены, кодирующие вирус, ученые могут различать различные штаммы SARS-CoV-2, коронавируса, вызывающего Covid-19. Они часто могут отследить, откуда он появился, и предвидеть некоторые особенности, которые его отличают, например, насколько легко он может распространяться или насколько легко он может уклоняться от нашей иммунной системы.

В США значительно улучшились возможности такого рода детективной работы, сказал в электронном письме Кристиан Андерсен, профессор иммунологии и микробиологии Калифорнийского исследовательского института Скриппса. Но страна по-прежнему полагается на разрозненное лоскутное одеяло лабораторий, из-за чего ученым сложно быстро секвенировать геномы и сообщать о результатах, чтобы все могли их увидеть. «Многое из этого до сих пор взламывается, включая наши собственные операции здесь, в Сан-Диего», – сказал Андерсен.

И все еще есть места в мире, где вообще не происходит какого-либо генетического секвенирования SARS-CoV-2. В этих пустых местах могут скрываться другие, более опасные варианты вируса. Вот почему ученые говорят, что поиск следующего варианта не должен ограничиваться странами с наибольшими ресурсами и лабораториями, такими как США. Многие призывают более богатые страны не только распространять вакцины и препараты против Covid-19, но и укреплять секвенирование вирусов по всему миру.

Наблюдение за геномом – вот почему мы вообще знаем о варианте омикрона

Происхождение омикрона до сих пор неясно, и мы не знаем, как он появился в разных странах. Но вариант показал, насколько быстро вирус может распространяться незамеченным.

Южная Африка и Ботсвана объявили в конце ноября, что обнаружили новый вариант, но, судя по количеству выявленных случаев, он, вероятно, уже циркулировал в этих странах в течение нескольких недель. Представители здравоохранения Бельгии, Германии и Нидерландов позже сообщили, что образцы показали, что вариант омикрона, возможно, уже был в Европе к тому времени, когда Южная Африка и Ботсвана забили тревогу.

Не случайно ЮАР одной из первых нашла его. «Этот вариант гораздо более распространен в Южной Африке, чем в Европе – чем выше распространенность, тем выше вероятность его обнаружения», – сказал Андерсен. «Тем не менее, Южная Африка имеет отличное наблюдение, которое лучше, чем в большинстве других стран».

Генетический надзор также может объяснить, почему омикрон был впервые обнаружен в Калифорнии, по крайней мере, по словам губернатора Калифорнии Гэвина Ньюсома. «Во многих отношениях неудивительно, что Калифорния объявляет о первом случае», – сказал Ньюсом на пресс-конференции в среду. Штат является центром биотехнологии, а Калифорнийский университет в Сан-Франциско имеет «одно из ведущих в мире институтов секвенирования генома», – добавил он.

Обнаружение новых вариантов по мере их распространения – серьезная научная и логистическая задача. Ученым и должностным лицам здравоохранения часто приходится секвенировать весь набор генов – геном, – который кодирует коронавирус в образце, – процесс, который намного дороже и сложнее, чем простая проверка, инфицированы ли люди. Геном SARS-CoV-2 составляет около 30 000 пар оснований и кодирует 29 белков.

Затем исследователи ищут характерные мутации, которые указывают на наличие варианта. (Некоторые стандартные тесты ПЦР на Covid-19 также можно настроить для сортировки между различными вариантами, но для этого требуется более сложная система скрининга.)

Генетическая информация уже помогает производителям вакцин против Covid-19 изучать, как адаптировать свою иммунизацию к омикрону, хотя компании говорят, что их нынешние вакцины по-прежнему эффективны. Но объявление о вариантах также привело к ограничениям для путешественников из африканских стран, что, по мнению ученых, может удержать страны от сообщения о будущих вариантах. Наблюдение наиболее эффективно, если информация распространяется по всему миру, поэтому для того, чтобы опережать новые мутации, необходимо международное сотрудничество.

Многие страны изо всех сил пытались не отставать от генетического надзора, необходимого для определения того, какая версия вируса причиняет наибольший ущерб, часто из-за нехватки денег и ресурсов. США также критиковали за недостаточное секвенирование генома, чтобы опередить варианты, поскольку новые штаммы пустили корни в начале этого года. «Это все, что я могу сказать, это смущает», – сказала Vox в январе Дайан Гриффин, микробиолог и иммунолог из Johns Hopkins.

С тех пор США усилили генетический надзор за SARS-CoV-2, чему способствовал приток более 1 миллиарда долларов в Центры по контролю и профилактике заболеваний, городские департаменты здравоохранения и правительства штатов для выявления конкретных вариантов вируса в тираж. Чиновники также вложили средства в создание систем отчетности по геномам SARS-CoV-2. В этом году правительственные лаборатории США более чем вдвое увеличили скорость секвенирования генома. Частные лаборатории и академические учреждения также внесли свой вклад.

В настоящее время лаборатории США секвенируют и сообщают о 29 геномах на каждую 1000 обнаруженных случаев Covid-19, примерно 20 000 в неделю, что ставит США в число 20 ведущих стран мира. «В результате этого у нас в США очень мало слепых зон», – сказал Андерсон Vox.

Тем не менее, в США требуется в среднем 28 дней для секвенирования этих геномов и загрузки результатов в международные базы данных. Сравните это с Соединенным Королевством, где последовательность 112 геномов на 1000 случаев, требуется в среднем 10 дней для представления результатов. Задержка обнаружения всего на несколько дней может дать вариантам время для тихого распространения в сообществах и за границу.

Огромные пробелы в генетическом секвенировании Covid-19 делают мир уязвимым для различных вариантов

Есть огромные области мира, где секвенирование генома сильно отстает от США и других богатых стран. «Это означает, что есть задержка в обнаружении и сообщении о новых вариантах в регионах мира, где низкий уровень секвенирования и обмена данными», – сообщила Алина Чан, молекулярный биолог из Института Броуда.

Такие страны, как США, секвенируют гораздо больше геномов вируса SARS-CoV-2, чем большая часть остального мира. Это оставляет возможности для появления новых вариантов Covid-19 незамеченными.
COVID CG

Из-за огромных недостатков в секвенировании генома в Южной Америке, Африке и Азии другие опасные мутации вируса SARS-CoV-2 могут остаться необнаруженными. Но секвенирование геномов требует времени и ресурсов, которые также должны быть сбалансированы с другими потребностями общественного здравоохранения. Во время пандемии чиновники здравоохранения должны сопоставить генетический надзор с тестированием, лечением и вакцинацией, а денег и возможностей лабораторий не так много.

«Мы не можем отследить каждого человека с положительным результатом», – сказала Эмма Ходкрофт, молекулярный эпидемиолог из Бернского университета. «Мы будем упускать вещи, которые циркулируют на очень низком уровне».

Ходкрофт и Андерсен заявили, что идеальным эталоном было бы секвенирование от 5 до 10 процентов геномов в положительных случаях Covid-19 по всему миру. Однако они признали, что это будет чрезвычайно сложно в странах с ограниченными ресурсами. «Даже доставка машины для секвенирования во многие из этих стран является абсолютным логистическим кошмаром, и мы не сделали целого ряда в этой пандемии, чтобы попытаться поддержать более глобальное наблюдение с помощью секвенирования», – сказал Ходкрофт.

Таким образом, помимо обмена вакцинами и тестами на Covid-19 с развивающимися странами, такие страны, как США, также должны помочь создать лаборатории по всему миру для проведения большего генетического надзора и отчетности. В противном случае другой вариант может удивить мир и свести на нет некоторые из упорных достижений в борьбе с вирусом.

источник: www.vox.com

Насколько полезен был этот пост?

Нажмите на звездочку, чтобы поставить оценку!

Средний рейтинг 0 / 5. Подсчет голосов: 0

Голосов пока нет! Будьте первым, кто оценит этот пост.

оставьте ответ